
Halálának oka és körülménye máig rejtélyes, nem megnyugtatóan tisztázott. A hagyományos elmélet szerint gyomorrákja volt, ezt diagnosztizálták a boncolás során, ill. gyomorbántalmakra panaszkodott élete utolsó évében. Egy 1961-ben napvilágot látott elmélet szerint azonban megmérgezték az őt fogva tartó angolok (a sziget angol gyarmat volt), mert csak így érezték végleg biztonságban magukat.
Az elmélet szerint a boncmester angol volt, ezért hazudott, a döntő bizonyíték pedig a hajában levő arzén volt, ráadásul Napoleon túlsúlyos volt, ami kizárja a gyomorrákot. A legújabb kutatások viszont kimutatták, hogy Napoleon élete utolsó fél évében 14 kilót fogyott, ami hihetővé teszi, hogy gyomorrákja volt túlsúlya ellenére. Továbbá az arzént akkoriban a boroshordók tisztítására használták, vagyis egy olyan nagy borissza, mint Napoleon élete végére talán felhalmozott némi arzént (a hajában). Ráadásul 2002-ben azt is bebizonyították, hogy az összes (tehát már a fiatal Napoleon) hajminta bőven a halálos dózis felett tartalmazott arzént, amely (logikus módon) külső úton, utólag került a hajra, tehát nem minősül bizonyítéknak a mérgezésre.
Pár éve újabb elmélet jelent meg, orvosi műhiba okozhatta a halált. Napoleon gyomorpanaszait a korban divatos módon egy hánytatóval kezelték, amely rendszeres kezelés esetén sóhiányt okoz a szervezetben, ami szívritmuszavarhoz vezet. A kegyelemdöfést a tanulmány szerint egy 600 mg (ez a rendes adag ötszöröse) higanyklorid alkalmazásával végrehajtott purgálás okozhatta. Ez a test sótartalmának hirtelen zuhanását válthatta ki, aminek következtében két nappal később beállt a halál.
Pár éve újabb elmélet jelent meg, orvosi műhiba okozhatta a halált. Napoleon gyomorpanaszait a korban divatos módon egy hánytatóval kezelték, amely rendszeres kezelés esetén sóhiányt okoz a szervezetben, ami szívritmuszavarhoz vezet. A kegyelemdöfést a tanulmány szerint egy 600 mg (ez a rendes adag ötszöröse) higanyklorid alkalmazásával végrehajtott purgálás okozhatta. Ez a test sótartalmának hirtelen zuhanását válthatta ki, aminek következtében két nappal később beállt a halál.